Phòng Đào tạo Sau đại học được thành lập theo Quyết định số 1862/QĐ-BYT ngày 27/05/2009 của Bộ trưởng Bộ Y tế và thông báo số 896/TB-ĐHYDCT-TCCB ngày 03/12/2009 Hiệu trưởng Trường Đại học Y Dược Cần Thơ, trên cơ sở tách ra từ bộ phận Sau đại học của Phòng Đào tạo.

         Phòng Đào tạo Sau đại học có nhiệm vụ tham mưu cho Ban Giám Hiệu về công tác xây dựng chương trình, kế hoạch đào tạo sau đại học, công tác tổ chức thực hiện, kiểm tra đánh giá, đảm bảo chất lượng đào tạo sau đại học của Trường Đại học Y Dược Cần Thơ theo quy chế của Bộ Giáo dục – Đào tạo và Bộ Y tế.

        Năm 2003, hoạt động đào tạo sau đại học bắt đầu với 36 học viên Chuyên khoa cấp I chuyên ngành Y học gia đình liên kết với Đại học Y Dược Thành phố Hồ Chí Minh. Đến nay, Trường Đại học Y Dược Cần Thơ đã không ngừng phát triển đội ngũ giảng viên có trình độ cao, gia tăng mở mã ngành đào tạo, tăng quy mô đào tạo và đa dạng hoá các loại hình đào tạo, nhất là đào tạo sau đại học. Tính đến thời điểm hiện nay, Trường Đại học Y Dược Cần Thơ đã gia tăng quy mô đào tạo sau đại học lên đến 86 ngành/chuyên ngành. Trong đó, có 31 chuyên ngành Chuyên khoa cấp I, 22 chuyên ngành Chuyên khoa cấp II, 16 chuyên ngành Bác sĩ nội trú, 11 ngành/chuyên ngành Cao học và 6 ngành/chuyên ngành Tiến sĩ; với tổng số học viên đã tốt nghiệp và đang đào tạo là hơn 10.000.

Lãnh đạo qua các thời kỳ:

• 2010 - 2018: PGS.TS.Nguyễn Văn Qui

• 2018 - 2020: PGS.TS.Nguyễn Văn Lâm

• 2020 - 2021: PGS.TS.Võ Huỳnh Trang

• 2021 - 3/2023: PGS.TS.Trần Viết An

• 4/2023 - Đến nay: PGS.TS.Võ Huỳnh Trang